1、擴增：不同的干細胞，其擴增方法不同。如造血干細胞為懸浮培養，而腫瘤干細胞則為貼壁培養的細胞。

2、消化：根據細胞耐受性的不同，有多種方法，如機械法，化學法，以及膠原酶、胰酶消化等不同方法。

3、凍存：取處于對數期的干細胞,消化,并吹打為單細胞懸液,用2X培養基重懸細胞后，將等體積DMSO逐滴加入細胞懸液中，輕輕吹打混勻，重懸細胞于凍存管中，并置于凍存盒中，凍存盒放入-80℃冰箱。

4、分化：鑒定干細胞的一項重要指標就是它的分化能力。一般分化采取加入細胞因子誘導、共培養、小分子刺激等方法。


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